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My repositories

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Libraries / Modules

Name	Link	Language	Description
slib	Github	C/C++	Libraries for supporting c++ coding. There are 3 sublibraries. CMake installation is available. libsobj A basic library. libsapp A library to make command line applicaition. libsbioinfo A library used for my bioinformatics research.

Applications

Name	Link	Language	Description
BioInfoTools	Github	C/C++	Bioinformatics apps used in the article. GenomeConverter: A program to encode a FASTA format genomic sequence to a compressed binary file. GenomeExtract: A program to extract the sequence. GFFParser: A program to display the summary of gff3 file. AnnotDBMaker: A program to make a sqlite3 format database for gene annotaion. BioAnnotation: A program to make annotation of target region using the database.

Plugins

Name	Link	Language	Description
Stack Editor	Github	Java	ImageJ plugin Cut out the specified slide(s) from a stacked image.
	Github
Library Measure	Github	Java	ImageJ plugin To measure the concentration of genomic DNA fragments for next-generation sequencer using a photo of an agarose gel. This plugin is used in the article.

Other scripts

R scripts

Github

R

Statistical test: Make chart: For NGS analysis:

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リポジトリリスト

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slib

c++プログラミングサポート用のライブラリ

• libsobj

  C++で疑似的な動的型付けでコードを書ける基本ライブラリ

• libsapp

  コマンドラインアプリを作成するためのライブラリ

• libsnodeapp

  node.js上で動くnative addonsを作成するためのライブラリ

• libsbioinfo

  バイオインフォマティクス関連の研究で使用しているライブラリ

BioInfoTools

バイオインフォマティクス関連の研究で使用しているプログラム

• GenomeConverter

  FASTA形式のゲノム配列をバイナリファイルにエンコードするプログラム

• GenomeExtract

  GenomeConverterでエンコードされたファイルを用いて、ゲノムの一部または全塩基配列を抽出するプログラム

• GFFParser

  入力されたgff3ファイルの情報を表示するプログラム

• AnnotDBMaker

  遺伝子アノテーションのためのsqlite3形式のデータベースを作成するプログラム

• BioAnnotation

  AnnotDBMaker で生成されたデータベースを用いて対象領域のアノテーションを行うプログラム

• GeneMapSVG

  GenomeConverter、AnnotDBMaker で生成されたバイナリゲノム配列とアノテーションデータベースを用いて、標的領域の遺伝子、転写構造、変異体の位置を表示するsvg(ベクター型画像)ファイルを作成するプログラム

• VariantDetect

  配列ファイル、特にサンガー配列の結果から変異型と位置を検出するプログラム

• Sutoku

  次世代シーケンサーで得られたBAMファイルから変異を検出するプログラム

Python

• DeletionFilter.ipynb

  次世代シーケンサーで検出した変異から機械学習で擬陽性を判定するためのコード

IJPlugIns

ImageJのプラグインとして書いたJAVAのコード集

• IJ_Subtract.java

  スタック画像から、全画像の平均画像を引くサンプルプラグイン

• Open_Rois.java

  ROIManagerに登録したROIを個別に新規画像として開くプラグイン

• Stack_Editor.java

  ImageJのスタック画像から特定の画像を抽出するプラグイン

• Library_Measure.java

  次世代シーケンサーで用いるゲノムDNAの濃度をアガロース泳動写真から測定するためのライブラリ
  (実際にThermoFisherScientificの 2% E-Gel Exの写真を使って利用中)

RScript

研究で使用している統計ソフトR用のスクリプト集

Lecture

Pythonプログラミングと、AIの講義用にGoogle Colaboratoryで作成したJupyter notebook集